Ünlü Danimarkalı şarkiyatçı bilim insanı Johannes Pedersen Langeland Adası’ndaki bir kasabada dünyaya geldi. Danimarka’da bulunan Sorø Akademisi’ni bitirdikten sonra 1902’de teoloji ve semitik filoloji eğitimi için Kopenhag Üniversitesi’ne giren Pedersen, Frantz Buhl’ün yanında İbranice, Aramice ve Arapça dillerini öğrendi. Henüz öğrenci olduğu dönemlerde dinler tarihi hocası J. C. Jacobsen’in gözetiminde Eski Ahid metinleri üzerine ilk bilimsel çalışmalarını yaptı. 1906’da yazdığı “İsrail Kabilelerinin Ken‘ân’da Yerleşimi” başlıklı makalesinden dolayı üniversite tarafından altın madalya ile ödüllendirilen Pedersen, 1908 yılında da teoloji eğitimini tamamladı. E. Lehmann’ın öncülüğünde Eski ve Yeni Ahid’den seçilmiş bazı metinleri Danimarka diline çevirdi. 1909-1912 yılları arasında Margburg’da P. Jensen ve Leipzig’de H. Zimmern’den Akkadca-Asurca, August Fischer’den Arapça dersleri aldıktan sonra Leiden’de C. Snouck-Hurgronje ve Budapeşte’de Ignaz Goldziher’in yanında İslâmiyat eğitimini tamamladı. Ardından Den semitiske Ed adlı teziyle (København 1912) Kopenhag Üniversitesi’nde doktor unvanı aldı. Yine Kopenhag Üniversitesi’nde 1916’da doçent, 1922’de profesör oldu.
Sami dinleri üzerine detaylı araştırmalar yapan Pedersen’e göre Ortadoğu dini metinleri üzerine çalışan kutsal kitap yorumcuları ile çağdaş sosyoloji tarihçilerinin metodolojik açıdan birbirinden kopuk çalışmaları efsanevi-dini anlatıları çok basit bir şekilde ele almaktadır. Bu basitliği aşmanın yöntemi, kendisinin bütün çalışmalarında gözettiği gibi dini hayatı organik bir bütün olarak değerlendirmektir. Bu bağlamda yazılı geleneği anlamada şifahî gelenek önemlidir. Bu düşünceyle Pedersen, en önemli eseri “Israel”de sosyal hayat ve kültürün bir bütün, dinî inanç ve unsurların o bütünün bir parçası olduğunu savunmuştur. Pedersen, İslâmiyat alanındaki ilk faaliyetlerini Leipzig’de August Fischer’in Arapça sözlüğünün yayımına (1913-1919) yardım ederek ve E. Lehmann’ın İslâm ve Kur’an çalışmalarına katılarak gerçekleştirdi. 1914’te Kur’an’ı Danimarkaca’ya çevirdi I. Dünya Savaşı’nın sona ermesinin ardından Suriye, Filistin ve Mısır’a seyahatlerde bulundu. Ezher Üniversitesi’nde Tevrat dersleri verdi. Hayatını şarkiyat araştırmalarına adayan Pedersen 1977 yılında vefat etti.