1997 yılında Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü'nden mezun olan Kaya, aynı yıl Marmara Üniversitesi Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü Ortaçağ Tarihi anabilim dalında yüksek lisansını Eyyubiler üzerine yaptı. İstek okullarında başladığı öğretmenlik hayatına Şişli Terakki Lisesi'nden sonra Robert Kolej'de devam etmektedir.
İstanbul ve tarih üzerine sekiz kitabı yayınlanan Önder Kaya'ya, Türkiye Yazarlar Birliği tarafından 2008 yılında şehir kitapları ödülü verildi. Murat Bardakçı ile Hürriyet Tarih, Şalom, Radikal gibi gazetelerin yanı sıra Toplumsal Tarih, Popüler Tarih, Müteferrika gibi dergilerde yazıları yayınladı. Önder Kaya'nın Radikal İki, Şalom, 1453, Kültür, Gezgin, Toplumsal Tarih, Mostar gibi gazete ve dergilerde yayınlanmış yazıları da bulunmaktadır.