2000 aralığında, Rus uzakdoğunun en ucunda yer alan Çukotka bölgesine vali olarak seçilmişti; bu makama 2005 ekiminde yeniden Putin tarafından atandı. 2008 ekibinde bölge parlementosu başkanı olarak seçildi. Milyarder, Moskova’da oldukça uzaktaki bu unutulmuş köşeye son derece seyrek gitti, ama oraya muazzam yatırımlar yaptı.
Kamuoyuna açıklanan bu durumdan sonra başsavcı hakkında adli kovuşturma başlatıldı. açığa alındı ve mabetex davasından el çektirildi. Bu Yuri Skuratov’un kariyerinin sonu ve Vladimir Putin’in durdurulamaz yükselişinin başlangıcı oldu.