Melikşah’ın ölümüyle imparatorluk iki kutba ayrılmıştır. Bir tarafta sarayın güçlü kadını Terken Hatun, henüz 4 yaşındaki oğlu Mahmud’u tahta çıkarmak için ordunun sadakatini altınla satın almış; diğer tarafta ise Nizâmü’l-mülk’ün "evlatlarım" dediği Nizamiyeler, büyük oğul Berkyaruk’u meşru varis kabul etmiştir.
Tarihçinin Notu: Terken Hatun'un, halifeye baskı kurarak küçük bir çocuk adına hutbe okutturması, Selçuklu geleneklerine aykırı bir "zorlama" olarak nitelendirilir.
Nizamiyeler ve Nizâm-ı Âlem Mücadelesi
Berkyaruk’un hapisten kaçırılarak tahta oturtulması, bürokrasinin ordu üzerindeki son büyük zaferlerinden biridir. Bu dönemde Tâcü’l-mülk gibi rakip vezirlerin tasfiyesi, devletin yönetim kodlarının yeniden Nizamiyeler eline geçmesini sağlamıştır.
Tutuş ve Arslan Argun Tehdidi
Sultan Berkyaruk, sadece kardeşleriyle değil, "Melikşah’ın mirasında hak iddia eden" amcasıyla da savaşmıştır.
Tutuş Vakası (1095): Suriye Meliki Tutuş'un mağlubiyeti, Berkyaruk’un saltanatını meşrulaştıran en büyük askeri başarıdır. Tarihçi burada, komutanların "zalim ve sert" Tutuş yerine, daha "ılımlı" görünen Berkyaruk’un safına geçmesini bir dönüm noktası olarak görür.
Arslan Argun: Horasan'ı kana bulayan bu isyanın, bir köle suikastıyla bitmesi devletin bekası için "ilahi bir lütuf" olarak yorumlanabilir.
Muhammed Tapar ve Müeyyedü’l-mülk İttifakı
1099 sonrası başlayan bu yeni evre, "Kardeşin kardeşe kırdırıldığı" en dramatik dönemdir. Nizâmü’l-mülk’ün oğlu Müeyyedü’l-mülk’ün taraf değiştirerek Muhammed Tapar’ın veziri olması, devletin idari çekirdeğinde büyük bir çatlağa yol açmıştır.
Tarihçinin Notu: Bu dönemde Bağdat’ta kimin adına hutbe okunacağı, o gün şehre hangi ordunun hakim olduğuna göre değişir hale gelmiştir. Bu durum, Selçuklu prestijine vurulan en ağır