Roman, 1830'lu yıllarda Osmanlı egemenliğindeki Lübnan’ın dağ köylerinde geçer. Hikâye, anlatıcının yıllar sonra bir köyde gördüğü gizemli kaya ve onun adıyla anılan "Tanios" adlı bir gencin hikâyesini araştırmasıyla başlar.
Tanios, kim olduğu ve babasının kimliği bilinmeyen bir çocuktur. Annesi Lamia, güzelliğiyle tanınan bir kadındır ve köyün lideri Şeyh Fransuva ile ilişkisi olduğu dedikoduları vardır. Bu durum, Tanios’un doğumu etrafında büyük bir sır perdesi oluşturur.
Tanios büyüdükçe bu sır onu hem köy halkının gözünde hem de kendi ruhunda büyük bir sorgulamaya sürükler. Eğitimli, zeki ve meraklı bir genç olan Tanios, zamanla bireysel özgürlük, kimlik ve kader gibi sorularla yüzleşmeye başlar. Ancak köyündeki feodal yapı, politik entrikalar ve ailevi sırlar onu hem içsel hem de gerçek bir çatışmanın içine sürükler.
Bir ihanet ve bir cinayet olayının ardından Tanios'un hayatı dramatik bir şekilde değişir. Kimliğini ve kaderini ararken Tanios Kayası onun için hem bir sığınak hem de trajedisinin sembolü olur.