Fatih, bilinenin tersine İçerdeki pek çok mozaiğe dokunmadı. Hz. İsa’nın Hz. Meryem’in yüzünü örtmedi. Ama onların yanına Hz. Muhammed’in ismini koydu. Ayasofya yapıldığı zamanki fonksiyonuna devam ediyordu. Allah dininin mabedi olarak…
Osmanlıların Ayasofya’ya yaptıkları mimari katkılar da yapıyı başka bir havaya büründürdü. Osmanlılar Bizans medeniyetini özümseyip kendi katkıları ile nasıl daha ileri bir medeniyet kurmuşsa aynısını Ayasofya’da da yapmışlardır
Hıristiyan Roma İmparatorluğu'nun ilk devlet kilisesi, Hıristiyan dünyasının da ilk ana mabedi sayılan Ayasofya yapıldığı günden bu zamana kadar hayranlık uyandırmaya devam etmiştir.