Newton’ın aşırı bir simya merakı vardır. Bu merakı onun sorunlu bir kişiliğe sahip olduğunu işaret ediyor olabilir. Gerçekten de hayatı boyunca bunu takıntı yapmıştır. Ve cıva gibi üzerinde çalıştığı maddelerin, ruhsal bunalıma girmesine katkıda bulunmuş olması da mümkündür. Mistik dini düşünce ve bilimsel düşünce arasında gidip gelen bir düşünce yapısına sahiptir.
Newton’ın elma hikayesi doğrudur; sadece kafasına düşmemiştir. Bir gün otururken düşen elmayı gördüğünü ve ona ilk kez yerçekimi kavramını düşündürdüğünü söyler.
Newton, zamanla Ariusçuluğa inanmıştır. Bu inanç Libyalı rahip olan Arius tarafından ortaya atılmıştır. Hristiyanlıktaki teslis inancını reddeden ve İsa’nın ezelden beridir var olmak yerine Tanrı tarafından yaratıldığına inanan bir doktrindi.
Newton dindar bir Hristiyandı ancak onun dini inancı (kabul aldığı Cambridge'in şartlarından biri olan Anglikan meshebinden olma ve ingiltere kilisesine bağlı olma) ingiltere Kilisesi'nde olandan daha püriten bir Hristiyanlıktı ve o günün şartlarına göre düpedüz sapkınlık olarak kabul edilen inançlara sahipti.