Romanda her bölüm Gülperi hakkında kısa cümlelerle başlar. Adaya Zahir adında bir yabancı gelir. Zahir, aşağıdaki ada sakinlerindendir. Oradaki savaştan kaçarak romanın ana mekânı olan Serinazman Irmağı kenarında bulunan adaya sığınır. Aşağı ada sakinleri, kitapta Zede olarak adlandırılır. Zedeler, Zahir’in ardından akın akın bu adaya gelirler. Bir süre sonra adada karışıklıklar çıkmaya başlar. Yüksek Ülke’den yetkililer adaya gelir ve durumu kontrol altına alırlar. Ancak bir süre sonra nifak çıkartıp ada halkını birbirine kırdırırlar. Roman sonunda ada halkına dağıttıkları bıçak, pala, sopa vs. delici ve kesici aletler bunun göstergesi sayılır.
Büyük Irmaklardan Bile, üç farklı zaman ve hikâyenin iç içe geçtiği, zamanın bulanıklaştığı; savaştan kaçan insanların bir adaya sığındığı ve burada yaşanan köklü değişimlerin ironik ve alegorik bir üslupla anlatıldığı distopik bir romandır. Roman üç hikâyeden ve 11 bölümden oluşur. İlk bölüm Hz. Adem babamız ve Hz. Havva annemizin ve çocukları Habil ile Kabil’in hikâyelerinin anlatılmasıyla başlar. Aynı hikâyenin aylar için oluşturulmuş bir parodisi de ikinci hikâyede kısa bir şekilde anlatılır. Romandaki ilk bölüm: Gülperi’yle başlar. On Birinci ve son bölüm ise Çirkin ile biter. Hz. Adem ve Havva annemizin anlatıldığı iki ayrı hikâye harici, diğer bölümler kendi içlerinde birbirleriyle bağlantılı şekildedir. Bölümlere verilen adlar, geçen olaylar ve karakterler hakkında bilgi vermektedir. Bölümlerin başında anlatılan hikâyeler okuru asıl olayların anlatımına hazırlar. Romanın başkarakteri, Yamuk isimli genç bir adamdır. Yamuk ahalice sevilen ancak çok da önemsenmeyen birisidir. Roman boyunca Yamuk’un penceresinden izleriz olanları. Kimi zaman Gökadam’ın, Ana’nın, Dedebey’in Gülperi’nin, Güvercin Kız’ın, Kıral’ın hikâyesini