Cumhuriyetin ilk yıllarında düşülen "Türkçülük hareketi"nin etkisiyle "Mimar Sinan Türk müdür, değil midir?" tartışması açıldı. "Türk kafatası" taşıyıp taşımadığını anlamak için mezarından kafatasını çıkardılar. Kumpasla ölçülmesi için Ankara Dil Tarih Coğrafya Fakültesine gönderdiler.
Sonunda " bizden biri" olduğu anlaşıldı, ama maalesef kafatası tekrar mezarına konmadı.
O gün bugündür, Muhteşem Süleyman'ın muhteşem mimarı, Süleymaniye'deki türbesinde salt beden olarak ebediyeti uyuyor.