Ne yazık ki, Pisagor’un hem bilimsel çalışmaları ve açılımlarından, hem de dini alandaki çalışmalarından rahatsız olan halk, bir süre sonra okulu ateşe verdi. Pisagor ve öğrencileri yanarak can verdiler. Ona ve kurucusu olduğu ekole ait pek çok belge de yangında kül olup gitti. Bu yüzden, Pisagor’dan günümüze çok fazla kaynak kalmamıştır.