1609 yılında İstanbul'da doğdu. Babasının adı Abdullah'tı. Babası, Osmanlı devlet ve siyaset adamlarının yetiştirildiği Enderûn kurumunda eğitim görerek yetişmiş bir askerdir. Kâtip Çelebi'nin asıl adı Mustafa bin Abdullah'tır. Ordu kâtipliğinde bulunduğu için ulema ve halk arasında Kâtip Çelebi lakabı ile tanındı. Diğer lakabı ise Hacı Halife'dir. Hacca gittiği ve uzman memur (halife) olduğundan ötürü bu lakap ile de anılmıştır.
