Süleyman Subaşı Camii 1940'lara kadar sağlam ve ibadete açık tı. Bu tarihlere doğru eski Unkapanı Köprüsü kaldırılıp yerine bir Fransız firmasına yaptırılan ve hâlâ kullanılan Atatürk Köprüsü inşa edilirken gereksiz yere, belki de şantiye yapılarına yer açmak için Süleyman Subaşı Camii de tamamen yıkılıp ortadan kaldırıldı. Bugün yerinde boş bir düzlük vardır. Böylece İstanbul, Haliç kıyısındaki bir özelliğini de kaybetmiş oldu.