Peter zihin değişikliğinden kurtulup kendine geldiğinde hiçbir şey eskisi gibi değildi. İnsanlar Örümcek Adam'ı artık sevmiyor, Cat bile saplantılı şekilde kendine ihanet edildiğini düşünüyor.
Ortaya çıkan bir süper kötü sayesinde yıllar evren örümcek tarafından ısırılan tek kişinin kendi olmadığını öğrenen Peter hem diğer kişiyi bulmak hem de düşmanın açtığı yaraları kapatmak için çok çalışması gerekiyor....