Fatih’in bu imar hareketlerine ilaveten yaptırdığı iki sarayı da zikretmek gerekir.Bunlardan birincisi bugünkü İstanbul Üniversite binasının bahçesinde yapılmıştı.İstanbul’da ilk yapılmış olan bu saraya daha sonra “Eski Saray” denilmeye başlanmıştır.Zira Fatih, 1474-1478 yılları arasında bugünkü Topkapı Sarayı’nın bulunduğu yere “Yeni Saray” adıyla bir saray inşa etmiştir.Buna önceleri Yeni Saray denilmekteyken, bilahare Haliç tarafındaki girilen giriş kapısının iki tarafına Haliç’e giren Donanma’nın Padişah’ı selamlamasına mukabelede bulunmak üzere iki top konulmuş olmasından dolayı oranın ismi olan Topkapı, daha sonra bu saray hakkında yerleşip yaygınlaşmıştır.