Ergenekon operasyonu ve soruşturmasının Cumhuriyet tarihinin en önemli siyasal ve toplumsal kırılma noktalarından biri olduğu açıktır. Bu siyasal hamle ve saldırı üzerinden düşük yoğunluklu bir Islamizasyon projesinin hayata geçirilmek istendiği , artık tartışılmayacak şekilde ortaya çıkan bir gerçekliktir. Dolayısıyla Ergenekon operasyonunun Türkiye'de rejimi daha Islami temellerde dönüştürmeye yönelik örtülü bir darbe olduğu , çok sayıda kanıtla desteklenen kesin bir olgu niteliğindedir.