Şerif Hüseyin babasının ölümü üzerine üç yıl kaldığı İstanbul'dan 1861 yılında amcası Emir Abdullah'ın yanına Mekke'ye geri dönmüştür. Amcasının vasiliğinde Mekke'de geçirdiği delikanlılık ve gençlik yıllarında Bedevi adetlerini, aşiretlerin yaşam şeklini öğrenmiş, Yarımadayı dolaşarak bir tür saha tanıma faaliyeti gerçekleştirmiştir. İstanbul'da başladığı eğitimini Mekke'de tamamlamış, Mekke'de amcasının kızı Abdiye Hanım ile evlenmiştir. Delikanlılık yıllarından itibaren Emirliği ele geçirebilmek için büyük bir arzu duyarak Mekke'de görevli emirlere karşı bir dizi entrikaya adı karışmıştır.