Kongre esnasında, Harbiye Nazırı, Kâzım Karabekir'e, Mustafa Kemal Paşa'yı ve Rauf Bey'i tevkif için emir verdi. Aynı zamanda da Kâzım Karabekir Paşa'yı Doğu Anadolu'daki bütün askerî kuvvetlerin müfettişi (yani Mustafa Kemal Paşa yerine) nasbediyor3 ve Kongre'yi derhal kapatmasını emrediyordu. Kâzım Karabekir bu emre itaat etmedi. Mustafa Kemal Paşa'nın yerine bir müfettiş tayinini gayri meşru sayıyordu. Bir defa, Mustafa Kemal Paşa'yı Milli Hareket'in başı olarak kabul ettikten sonra, Kâzım Karabe- kir sözüne sadık kalarak Mustafa Kemal Paşa'dan emir aldı. Mustafa Kemal Paşa da o zaman ordudan istifa etti.