Godzilla, orijinali dışında önceki tüm filmleri yok sayan yepyeni bir görünüm ve güçlendirilmiş atom ışınıyla yepyeni bir filmle geri dönüyor. Bu kez daha sonra Orga adında gizemli bir kaijuya dönüşen gizemli bir UFO ile savaşır. Shinjuku şehrinde son hesaplaşma için buluşurlar.
