Fener Rum Patrikhanesi'nin Türk milletinin başına açtığı en büyük belalardan birisi de Pontus meselesidir. Pontus meselesi, Birinci Dünya Savaşı öncesi ve sonrasında Karadeniz Bölgesinde "kendilerine bağımsızlık vaat edilen" Hristiyan halkın kışkırtmasıyla cereyan etmiş, siyasi propaganda olarak başlayıp bölgedeki Rumların kanlı eylemleri ile devam eden, nüfus mübadelesi kapsaminda Rumların bölgeden çıkartılması ile son bulan olaylar bütünüdür.