Herakleitos'a değin, lyonya düşünüşüne damgasını vuran şey, evrendeki bir lik düşüncesidir. Ama Herakleitos (MÖ 540?-480) bunun yerine dikkatini çelişkilere ve çatışmalara yöneltecektir. Çağdaşları tarafından pek de sevilmediği anlaşılan düşünür, adeta kendi dehasını sergilemek için yazıyormuş gibi oldukça karanlık bir dille düşüncelerini ifade ettiğinden "karanlık" lakabıyla da anılmaktadır. Sokrates, onun bu yönünü belirtmek için "anladıklarım yüksek bir tinin kanıtıdır, inanıyorum ki anlamadıklarım da öyledir; fakat bunları anlamak için Deloslu bir dalgıç olmak lazım" der. Herakleitos, var olanların ancak karşıtıyla birlikte anlaşılabileceği kabulünden yola çıkar. Sıcak ancak soğukla, savaş barışla, dostluk düşmanlıkla, gece gündüzle, yaz kışla anlaşılabilir. Buradan hareketle karşıtlar arasındaki savaşın her şeyin babası olduğu kabul edilebilir. Ancak özenle not edilmesi gereken noktalardan biri, her şeyin kendi karşıtını da içinde taşıdığıdır.