İki saat süren savaşta Macar Kralı İkinci Layoş kaçarken derede boğulmuş, birçok Macar ileri geleni öldürülmüştü. Osmanlı kaybı ise çok azdı. Osmanlı ordusu savaştan kısa bir süre sonra Macaristan'ın kalbi olan Budin girdi. Ancak Budin'i emniyet altında tutmak kolay olmadığından iki hafta sonra şehirden ayrıldı.
Kralın ölümü ile Macaristan'ı savunacak hiç kimse kalmamıştı. Mohaç zaferiyle Osmanlılar hiç beklemedikleri bir durumla karşı karşıya kalmışlardı. Macaristan olgun meyve gibi kucaklarına düşmüştü. Mohaç Savaşı ile Macar Krallığı tarihten silinmişti. Ancak Osmanlı Devleti buna hazırlıklı değildi.
Klasik Osmanlı fetih metotlarında ani bir fetih siyaseti yoktu.
Fethedilen bir yere bir anda yerleşilmez, kademe kademe Osmanlı ülkesine dahil edilirdi. Bu yüzden Osmanlılar Macaristan'ı bir anda topraklarına katmak istemediler. Sadece Orta Tuna'da Sirem ve çevresini ellerinde tuttular. Macaristan'ın kalan kısımları için de Erdel Voyvodası Yanoş Zapolya'nın krallığını tanıdılar. Ancak Macar kralının varissiz ölmesi yüzünden aradaki akrabalık bağlarını ileri süren Avusturya Kralı Ferdinand, Zapolya'nın krallığını tanımayarak Kuzey Macaristan'ı işgal etti. Macar asilzadelerinin bir kısmı Ferdinand'ın bir kısmı da Zapolya'nın krallığını tanıdılar.
Macaristan için Mohaç'tan sonra büyük bir mücadele başladı. Macaristan toprakları 150 yıla yakın Osmanlılar ile Habsburglar arasında çekişme sebebi oldu.