Mustafa Kemal, Cemiyetin fikirlerine bağlı bir İttihatçı olmasına rağmen dava arkadaşlarıyla yöntem, usul, program ve uygulama konularında aynı zeminde buluşamadı. Cemiyete katıldığı andan itibaren programsızlıktan yakınırken lidersiz bir hareket olmayacağını sürekli vurguladı. Suriye'den Selanik'e geç gelişi ve Cemiyete sonradan katılması fikirlerine taraftar bulamamasının gerçek nedeniydi. Asıl kırılma noktasını Eylül 1909'daki kongrede askerin siyasetten ayrılması isteğiyle yaşadı. Haklı olduğu kısa zaman sonra ortaya çıkmasına rağmen bu fikirlerini ancak Cumhuriyet'in ilanını müteakip Fevzi Çakmak ile birlikte uygulama fırsatı bulacaktı.