Baharatın mikrop öldürücü olduğunu öne süren hipotez biraz daha mantıklıdır. Baharat, bitkileri bakteri ve mantarlara karşı korur. Yiyeceklerimize bakteri ve mantarların saldırmasını da önler. En yaygın kullanılan baharatların birçoğunda güçlü mikrop öldürücü özellikler vardır.