Şimdi bu sorunu kitaptan paylaşacağım: Darwin'in aşamalı gelişim kuramına yöneltilen eleştirilerden biri, kuramın tümüyle yeni organların, yapıların, fizyolojik yeteneklerin ve davranış biçimlerinin başlangıcını açıklayamamasıdır. Örneğin, körelen bir kanadın uçma işlevini sergilemeden önce doğal seçilim aracılığıyla nasıl gelişebildiği sorusu bu eleştirilerden biridir. Darwin, bu tür evrimsel yeniliklerin kazanılmasını mümkün kılan iki süreç önermiştir. Bunlardan biri, "işlev genişlemesi" olarak adlandırılan süreçtir. Gözlerin kökenini bu süreç için örnek verebiliriz. Böyle karmaşık bir organın doğal seçilim tarafından nasıl yaratılabileceği sorusuyla ilgili olarak, işlev genişlemesi sürecinin açıklaması yapılmıştır. Işık algılayabilen (fotoreseptör) organların en basit şekillerinin üst deri (epidermis) üzerindeki ışığa duyarlı lekeler olduğu ve bu lekelerin üst derinin kalınlaşmasıyla oluşan bir tür mercek benzeri yapıya evrimleştiği gösterilmiştir. Bu süreç, göze ait diğer bütün ikincil niteliklerin de evrim süreci içinde aşamalı olarak eklenmesini içerir. Farklı omurgasız türlerinde bu tür gözlerin birçok ara aşaması hala mevcuttur. İşlev genişlemesine benzer bir başka örnek, memelilerdeki ön kolun, köstebeklerde, balinalarda ve yarasalarda olduğu gibi çeşitli değişikliklere uğramış olmasıdır.
Bununla birlikte, evrimsel yeniliklerin kazanıldığı tamamen farklı ve çok daha çarpıcı bir başka yol da, yapının işlevinde bir değişimin ortaya çıkmasıdır. Bu durumda, mevcut bir yapı, örneğin su piresinin (Daphnia) duyargaları gibi, yüzmeyi sağlayacak pedal işlevini de üstlenebilir ve yeni seçilim baskısı altında daha fazla genişleyerek değişikliğe uğrayabilir. Bu süreç, bir yapıya yeni bir işlev kazandırarak evrimin ilerlemesini sağlar. Yani, mevcut bir yapı, çevresel baskılar altında farklı bir işlevi yerine getirmek üzere adapte olabilir ve bu adaptasyon süreci evrimsel değişimlere yol açabilir. Bu tür işlevsel değişimler, organizmanın hayatta kalma ve üreme şansını artırabilir, dolayısıyla doğal seçilim tarafından desteklenir ve nihayetinde popülasyon içinde yayılır.
Hayvanlardaki davranışsal yalıtım mekanizmalarının çoğu, büyük olasılıkla yalıtılmış popülasyonlardaki eşeysel seçilim aracılığıyla başlamış ve yeni işlevlerini ancak zamanla kazanmış olabilir