Fetullahçılar, özellikle Sovyet Birliği'nin dağılmasından sonra kurulan Orta Asya'daki Türk Cumhuriyetleri'nde örgütlenmiş, ABD açısından kullanışlı hale gelmişti. Bu durum onlara Türkiye içinde de hem güç hem de dokunulmazlık sağlamıştı.
Faaliyetleri her dönemde MİT tarafından hep takip edilmiş ama hemen hemen hiç mücadele edilmemişti. Bu bağlantılarının örgütü, 1980 Darbesi sonrasında da koruduğu anlaşılıyor.
Devletin içindeki asıl örgütlenmesine ise 1980'lerde başladı.