Nietzsche birkaç defa hastalığını babasıyla karşılaştırdı. Bir Lütheryan papazı olan Carl Ludwig Nietzsche hayatı boyunca birkaç defa depresyona girdi. 1846'da ise epilepsi nöbetleri başladı; bu nöbetler uzun süre uzağa bakmak, iletişim kuramamak ve nöbet sonrası unutkanlık ile kendisini gösteriyordu. Aynı zamanda baş dönmesi ve kusmalarla beraber başının sol ön kısmında şiddetli baş ağrıları oluyordu ve bu krizler ortalama bir gün sürüyordu. Bu baş ağrıları başladığında çoğunlukla odasına yatmaya gidiyordu ve uyandığında baş ağrısı neredeyse ortadan kalkmış oluyordu. Bu özellikler migreni asıl neden olarak gösteriyor. Friedrich Nietzsche dört buçuk yaşındayken babası 36 yaşında, iki yıl süren akıl hastalığın ardından "Nervenabspannung" (sinir yıpranması) ve "Gehirnaffektion" (beyin bozukluğu), "Abzehrung" (hızlı kilo verme), "Afazi" (konuşmanın durması) -ki papaz olarak işini yapmasına engel olmuştur- ve görünün gitmesinin ardından hayatını kaybetti. O noktada tamamen yatalaktı. Sonunda, Nietzsche'nin babası 30 Temmuz 1849'da öldü. Otopsi yapıldı ve otopsinin sonucunda beynin çeyreğinde bir yumuşama olduğu ("Gehirnerweichung") gözlemlendi. Kaynağı büyük olasılıkla beyin damarlarıydı.
Nietzsche'nin annesi Franziska Oehler'in mide problemleri dışında ciddi bir sağlık problemi yoktu ve 1897'de yetmiş yaşında mide kanserinden hayatını kaybetti. Franziska'nın akrabaları da ciddi bir sağlık probleminden mustarip olmadı. Bir erkek kardeşi Theobald intihar etti. Nietzsche'nin küçük erkek kardeşi Joseph ise iki yaşında kendisini kırgınlık ve nöbetlerle gösteren akut bir hastalık sonrasında öldü. Friedrich Nietzsche'nin kız kardeşi Elizabeth ise seksen dokuz yaşında öldü ve hayatı boyunca ciddi bir sağlık problemi yaşamadı. Carl Ludwig Nietzsche'nin Rosalia ve Auguste adında iki kız kardeşi vardı. Rosalia'nın gergin biri olduğu söylenirdi fakat ikisinin de akıl hastalığı yoktu. Friedrich Nietzsche'nin çocuğu olmadı.