İskan işlerindeki intizamsızlık yüzünden muhacirler uzun süre camilerde sıkışık bir halde kalmak zorunda kalmışlardı. Camilerdeki izdiham yüzünden muhacirler ayaklarını uzatacak yer bulamamışla caminin içinde ateş yaktıklarından ve çıkan dumanın içeride kalmasından meydana gelen hastalıklardan birçok muhacir vefat etmiştir. Camilere aşırı derecede muhacir iskanı ile içeride hava cereyan edememekten başka camilerin tuvaletleri nüfusun çokluğuna göre kifayet edememesinden dolayı muhacirler çaresiz cami avlularına, sokaklara tuvaletlerini yapmışlar ve avlular durulmaz bir hale gelmiştir.
Sirkeci'ye en yakın olan Yeni Camii, Ayasofya Camii ve Sultanahmet Camii en çok muhacir yerleştirilen camiler olmuştur.