Aya "kutsal", sofya "bilgelik" anlamına gelmektedir ve bir kilise için "Kutsal Bilgelik" (Ayasofya) ismi, aslında çok anlamlıdır. Çünkü "Sofya" ismi 4.yüzyılda İsa'ya atfedilmiş bir lakaptır. Ayrıca onun asıl kimliğini oluşturan "bilgelik" de paganizm öğretisinin önemli bir simgesidir. Yani "Tanrıça Bilgeliği" nin adıdır. Bu yüzden Ayasofya'nın bir zamanlar ezoterik bir okul olduğunu düşünenler de vardır.