Asıl sorun, eski türlerin tükenmesi, yerlerine yenilerinin gelmesi değildi. Yeni türler bu anlamda eskilerinin yerlerini almıyor, onlardan inerek türleşiyorlardı. Buna bilimsel dilde, “değişerek türleşme” (descent with modification) ilkesi adı verilmekteydi. Darwin için sorun, değişimlerin nasıl gerçekleştiği idi. Bu konuyu, Türlerin Kökeni’nde işleyecekti.