Müzenin gerilemesinin başlıca nedenlerinden biri Hıristiyanlığın gelişmesi oldu. Milattan sonraki ilk yüzyıllarda orada sürdürülen bilimsel öğretim çoktanrıcılığın etkisi altında bulunuyordu. Matematikçi ve filozof Hypatia (Hipatia) I.S. IV. yüzyılın sonu ve I.S. V. yüzyılın başlarında orada ders veriyordu. Ama I.S. 415 yılında bir gün keşişlerin kışkırttığı bir kitle evini basıyor, zavallı kadını ordan çıkarıyor, çoktanrılı bu bilim kadınının güzel bedenini parça parça ediyor.