Elektör’ün Wittenberg’de reform yapma baskısı fırsat verdiğin de, Luther yalnızca teolojide değil, beşeri bilimlerde de skolastisizmin kararlı ve amansız celladı oldu. Elektör’ün danışmanı Spalatin’le kurmuş olduğu yakın ve güvene dayalı ilişki Luther’in etkisini iyiden iyiye artırdı. Daha 1516 yılında Aristotelesçi usçuluğun Hıristiyan teolojisini anlamakta bir yararı olmadığı sonucuna varmıştı. Hıristiyan teolojisi, bunun yerine, Erasmus Hümanizma’sının dilsel işlemlerinin rehberliğinde, Kutsal Kitabın sıkı bir metinsel incelemesine dayanmalıdır. 1516, 1517, hatta 1518 yıllarında Martin Luther’in aslında kilise için kapsamlı bir reform planı olmamıştı. Oysa, kendi üniversitesinde reform için açık seçik, güçlü bir biçimde dile getirilmiş ve köktenci bir planı olmuştu; teoloji eğitimi için düşlediği reformun, beşeri bilimler öğretim programında aynı derecede keskin bir reformun eşliğinde olmadıkça ilerleyemeyeceğini gördü. Luther hümanist olmadığı halde hümanist eğitim reformcularının dilini nasıl kullanacağını biliyordu kuşkusuz. Elektör’ün sarayına yazdığı mektuplar “dört bir yandaki barbarlığı yok etme” ve sonunda tüm üniversitelerde reform yapma arzusunu dile getiriyordu.
1518 ilkbaharına gelindiğinde, Luther’in endüljansa yönelik ünlü saldırısı dikkatleri dini bir reformcu olarak onun üzerine çekmeye başladığında, Luther Wittenberg fakültesini zaten öğretim programında kapsamlı bir dizi reforma doğru götürmekteydi. Hümanist düşünceler bunlar üzerinde öylesine baskındı ki, Almanya’nın her yerindeki hümanistlerin heretik olabileceklerini göz önüne bile almadan onun dini görüşlerini benimsemeleri bununla açıklanabilir. Yeni, daimi ve aylıklı Yunanca ve İbranice profesörlükleri mevcut hümanist Latince dilbilgisi dersi doğrultusunda kurulacaktı. Yaşlı Plinius’un Doğa Tarihi (doğa felsefesinde Aristoteles’in yerini aldı), Quintilianus (antikçağ retorikçisi) ve matematik üzerine yeni dersler olacaktı. Aristoteles, Petrus Hispanus ve Guillaume Tartaret üzerine olan gününü doldurmuş dersler kaldırılacaktı. Aristoteles’in bazı konularda vazgeçilmez olduğu görülmüş olmakla birlikte bu dersler bile İtalyan hümanistlerin modern çevirilerine dayanan yeni hümanist türde olacaktı; doğrudan özgün metne odaklanan bu çeviriler ortaçağ yorumlarına verilen geleneksel önemden sıyrılmıştı. Önde gelen bir hümanist, Johannes Aesticampianus yeni Plinius dersi için tutulmuştu. Seçici yönetim yeni profesörlükleri hayata geçirmek için gereken ek kaynakları seve seve sağladı; özellikle de Erfurt reformcularının yoksun oldukları desteği. Elektör Friedrich Alman Hümanizma’sının kıdemli siması Johannes Reuchlin’e bizzat yazarak yeni dilleri öğretecek nitelikte insanları bulmakta yardımcı olmasını rica etti. Reuchlin buna kendi kardeşinin torunu Philip Melanchthon’u gönde rerek yanıt verdi. Melanchthon insanı ümitsizliğe düşürecek kadar gençti ama Yunanca kürsüsüne gelmek üzere amcasının rehberliğin de özenle yetiştirilmişti.
Bu atama parlak bir başarı oldu. Melanchthon’un Ağustos 1518’teki açılış konuşması hümanist eğitim ideallerinden yana canlandırıcı bir manifestoydu; ve Luther dini anlaşmazlıklardan giderek daha büyük bir kaygı duyduğundan, Melanchthon onun yalnızca teolo jide destekçisi değil, eğitim reformu konusunda da uzmanı oldu. Bir çok yere gitti ve Alman kentlerine ve prenslerine okul ve üniversitelerin hem Lutherci hem de hümanist kurumlara dönüşümü konusunda öğütlerde bulundu. Entelektüel bakımdan yaratıcı değildiyse de, çok sayıda ders kitabı ve elkitabı yazdı ve (belki de bu yüzden) öğ retmen ve öğrenciler için çağın toplumsal ve entelektüel koşullarına çok uygun kitaplar sağladı. Onun kitapları retorik ve doğa felsefesi gibi alanlarda Almanya’nın Katolik bölgelerinde bile benimsenecek denli başarılı olmuştu.
Wittenberg genelde bir “üç dilli üniversite” olarak anılmaz. Genelde bu unvan hemen hemen aynı dönemde Leuven’de kurulmuş olan Collegium Trilingue için kullanılır. Bununla birlikte, 1518 sonuna gelindiğinde, Wittenberg hiç değilse program bakımından Leuven ya da Ispanya’da Alcalâ’daki San Ildefonso (1508’de kurulmuştu) kadar üçdilliydi. Aslında, Wittenberg’in Leuven karşısında önemli bir üstünlüğü olmuştu. Wittenberg’deki yeni dil dersleri beşeri bilimler fakültesinde öğretim programının ayrılmaz bir parçasıyken, Leuven’deki Üçdilli Üniversite ayrı bir kurumdu. Genel olarak üniversiteyle bağlantısı çok geçmeden bir tartışma konusu oldu ve buradaki dersler öğrencilere olağan akademik diplomalar almaya hak kazandıran dersler olarak kabul edilmemişti. Luther, bu başarılara karşın, kendi reformlarını hayata geçirmekte birçok sorunla karşı karşıya kaldı. Yeni parayla yeni programlar yürürlüğe koymak eskileri kaldırmaktan ve kaynakları yeniden tahsis etmekten daha kolaydı. Aristoteles mantığı ve fiziği üzerine olan eski derslerin bir arada öğretilmesine devam edildi. Çünkü Wittenberg her zaman öğrencilere bu konuları ya Tommasocu gelenekten yana olan ders kitapları ve öğretmenlerden yararlanarak bu üslupta ya da rakip Scotusçu üslupta okuma seçeneği sunmuştu. Luther yeni dersler yürürlüğe koymanın yanı sıra eskileri de kaldırma gayesindeydi; ve 1518 sonbaharında Aristoteles’in Etik'i konusundaki zorunlu dersin (1509’da kendisi gönülsüzce bu dersi vermişti) seçmeli yapılması; diploma için gerekli koşullara yeni dersleri dahil etme yollarına ilişkin bir çalışma yapılması; ve parayı idareli kullanmak ve tekrardan kaçınmak için, Tommasocu ve Scotusçu dersler arasındaki geleneksel benzerliğin kaldırılması ve Tommasocu mantık dersi veren öğretmenin bunun yerine hümanist bir konuda, Romalı ozan Ovidius’un Dönüşümler'i konusunda ders vermek üzere atanması gerektiğinde ısrar etti. Bu şekilde, Aristoteles’in mantık ve fiziği üzerine olan dokunulmaz dersler öğrencilerin diploma almaya hak kazanabilmeleri için verilmeye devam edecek ama öğretme çabası yarıya inecekti; ve beşeri bilimlerdeki bütün program tam da hümanist reformcuların arzu ettikleri gibi daha dilsel ve yazınsal bir nitelikte olacaktı. Luther fakültedeki meslektaşlarını olağan derslerini vermeyi bırakma ve insani bilimlerde yeni eğitim uzmanlıkları geliştirme izni için dilekçe vermeye bile ikna etmişti. Üniversitenin önde gelen Tommasocu ve Scotusçu teologları ayrı Tommasocu derslerin kaldırılması talebinde Luther’e katıldılar. Luther’in önderliğinin elektörlük gücü ve parayla birleşmesi, onun çoğu önerisinin kabul edilmesini sağladı.
Luther her istediğini hemen elde etmedi. Kendi teoloji fakültesinde, yeni gelen öğrenciler henüz yeterli bir Yunanca ve İbranice eğitimi görmediklerinden, Peter Lombard’ın Book of Sentences adlı geleneksel ders kitabını şimdilik elde tutmak gerektiğini kabul ediyordu, ama Kutsal Kitap derhal başlıca çalışma konusu yapılmalıydı. Genelde, 1519-21 yılları daha başka akademik reformlar açısından elverişli olmamıştı. Hem Luther hem de elektörlük yönetimi Luther’in doğmakta olan dini akımının dini ve siyasal sonuçlarından endişe duyuyordu. Ama Melanchthon 1521’de mütevazı bazı ek reformları yürürlüğe koymakta başarılı oldu. Ortaçağ öğretim programının büyük bölümü, üniversite 1530’lu yıllarda yeni bir hüküm dar döneminde adamakıllı bir biçimde yeniden örgütleninceye değin varlık gösterdi. Bununla birlikte, 1521 yazma gelindiğinde, Wittenberg skolastik ve Katolik bir üniversiteden hümanist ve Evanjelik bir üniversiteye dönüşmüştü. Beşeri bilimler fakültesinde eğitim artık ağırlıklı olarak mantık ve felsefeye değil, antikçağ dilleri ve yazınına da yanıyordu. Luther hümanist eğitimi benimsemesinin ardındaki güdüyü açıkça ortaya koydu; Aristotelesçi felsefeyi Hıristiyan teolojisine uygulamaya yönelik skolastik yöntemin yıkıcı bir yanlış olduğu inancını. Bu kaçınılmaz olarak geç ortaçağ kilisesinin sağlıksız teo lojisine yol açmıştı. Bununla birlikte, hümanist eğitim reformunun gerçekleştirilmesinde kendi çağdaşlarından, hatta Erasmus’tan bile daha büyük bir başarı gösterdi.
Luther’in akademik reformdaki öncü rolü dini öğretilerinin benimsenmesini kolaylaştırmıştı. Erasmus’un zaten bir hayranı olan ve Luther’i Nisan 1518’de Heidelberg’de yeni teoloji anlayışını savunurken dinlemiş ve Wittenberg’deki eğitim reformları konusunda onunla özel olarak görüşme fırsatı bulmuş olan genç Dominiken frer Martin Bucer’e göre, Luther tıpkı Erasmus gibiydi; belki daha bile iyiydi. Çünkü “Erasmus’un yalnızca işaret ettiğini, [Luther]... açıkça ve içtenlikle öğretmektedir.” 16. yüzyılın bitiminden ve birçok yerde, 1546’da Luther’in ölümünden önce, Evanjelik din ve Wittenberg tarzı üniversite reformu Heidelberg, Leipzig, Rostock, Greifswald, Tübingen, Frankfurt an der Oder’de ve Marburg ve Jena gibi yeni Protestan üniversitelerin de başarılı olacaktı. Bazı Alman üniversiteleri, Katolik ortodoksluğu desteklemeyi sürdürdü: Köln, Freiburg-im-Breisgau, Ingolstadt, Mainz ve Viyana; ama bunlar bile Hümanizma’ya yönelimden etkilenmişlerdi. Yeni eğitim modasına gönülsüzce boyun eğenler uzun bir gerileme dönemi yaşadılar ve eski formuna kavuşan Katolik üniversitelerin birçoğu (örneğin, Köln) bunu ancak yüzyılın ortalarından sonra yapabildi. Bu döneme gelindiğinde, bu üniversitelerin beşeri bilimler fakülteleri artık bir bölümüyle ya da bütünüyle, kendi katı ortodoks hümanist eğitim programı versiyonunu geliştirmiş olan yeni Cizvit tarikatının denetimine girmişti.