İsmailağa Cemaati, müftü cinayetinden camide bıçaklı saldırı ve yaralamalara, yolsuzluk iddialı dava dosyalarından taciz ve tecavüz iddialı soruşturmalara kadar, tartışmalı pek çok olayın odağında yer aldı.Cemaat, seçimlerde destekleme kararı aldığı AKP hükümetinden başı sıkıştığı ilk anda bile başbakan yardımcısı düzeyinde "ilgi ve alaka" gördü. Onun içindir ki, İsmailağa ve Fethullah Gülen cemaatlerinin hesaplarının mercek altına alınmak istenmesi ortalığı ayağa kaldırdı; ardından Cumhuriyetin "ilk"ler tarihi yazılmaya başlandı: Adalet bakanının "emriyle" bir savcı, ilk kez bir Cumhuriyet başsavcısının makamını basıp kendisini gözaltına aldı. Polis ve jandarmaya bir başsavcının emirlerine uyulmaması talimatı verildi... Cemaatleri soruşturan Cumhuriyet başsavcısı, tarikatlara "tuzak" kurmakla, cemaatler hakkında istihbarat toplayan MİT elemanları ise cemaat üyelerini "fişlemekle" suçlandı! Savcının emriyle cemaat soruşturmasında yer alan askerler hakkında ise "terör örgütü üyesi" oldukları gerekçesiyle dava açıldı; hepsi hapishanelere konuldu.
