Mustafa Kemal’e hukukî konularda danışmanlık yaptı (Soyak, I, 182). 1923 yılı başlarında (3 Mayıs 1339) Adliye Vekâleti tarafından teşkil edilen ta‘dîl-i kavânîn komisyonlarından ilki olan ve Mecelle’yi tâdille görevlendirilen Vâcibât Komisyonu’nda Ali Haydar Efendi’nin istifasıyla boşalan komisyon başkanlığına seçildi. Cumhuriyet’in ilânının arefesinde yapılan seçimlerde İzmir’den milletvekili ve ikinci meclisin 14 Ağustos 1923 tarihinde yaptığı Hey’et-i Vekile seçiminde adliye vekili oldu. Tek yeni üye olarak kabineye dahil edilmesi yeni hukukî düzenlemelerde kendisinden katkı beklendiğini göstermektedir. Ali Fethi Bey (Okyar) başkanlığındaki bu kabinenin 27 Ekim 1923’te istifa etmesi üzerine Cumhuriyet’in ilânının ardından İsmet İnönü başkanlığında kurulan kabinede de bu görevine devam etti. Seyyid Bey’in adliye vekilliği, 3 Mart 1924’te Şer‘iyye ve Evkaf Vekâleti ile Erkân-ı Harbiyye-i Umûmiyye Vekâleti’nin ilgası dolayısıyla İsmet Paşa kabinesinin 5 Mart 1924’te istifasına kadar sürdü. 6 Mart 1924’te yine İsmet Paşa başkanlığında kurulan yeni kabinede Seyyid Bey’in de aralarında bulunduğu bazı vekillere yer verilmedi (Seyyid Bey’in tasfiyesi sebepleri için bk. Erdem, Seyyid Bey’in İslâm Hukuku Sahasındaki Çalışmalarının Değeri, s. 40-48). Meclisteki görevine kısa bir süre daha devam eden Seyyid Bey, 20 Nisan 1924 tarihli Teşkîlât-ı Esâsiyye Kanunu’nun 23. maddesinde milletvekillerinin aynı zamanda başka bir memuriyet almalarının yasaklanması üzerine mebusluktan ayrılarak İstanbul’a dârülfünundaki görevine döndü. Kuruluş halindeki İlâhiyat Fakültesi reisliğine (dekanlık) getirildi. Ölümüne kadar İlâhiyat Fakültesi’nde târîh-i fıkıh ve Hukuk Fakültesi’nde usûl-i fıkıh hocalığını sürdürdü. Yakalandığı zatürreden 8 Mart 1925 tarihinde ölen Seyyid Bey ertesi gün Beyazıt Camii’nde kılınan cenaze namazının ardından Sultan Mahmud Türbesi hazîresine defnedildi. Günümüzde kabrinin hazîredeki yeri tam olarak belli değildir.