Üniversiteler hemen her konuda YÖK’e bağlılar: rektör ve dekan atamaları, doçentliğe yükseltilme, öğretim elemanı alınması, kadro tashihi, müfredatın düzenlenmesi, atama kriterlerinin kabulü, öğrenci sayısının (kontenjan) belirlenmesi, merkezli sistemle öğrenci yerleştirmenin kural ve düzenini belirlemek vb.