Muhammed Kutub Yukarı Mısır'ın Asyut yakınlarındaki Musha köyünde dört kardeşin ikincisi olarak ve abisi Seyyid Kutub'dan sonra doğdu. İngiliz kaynaklarında yetişmesi ve eğitimi ile ilgili olarak pek az bilgi bulunmaktadır ama büyük kardeşi Seyyid Kutub, kendisinden küçük iki kız kardeşi ve annesi ile birlikte Kahire yakınlarındaki Helvan'da yaşamıştır. Abisi Seyyid'in tutuklanmasından birkaç gün önce, 29 Temmuz 1965'te, kardeşi ile birlikte hükûmeti devirmek maksadıyla Mısır'ın politik ve kültürel liderlerine yönelik suikast tertipçiliğinde bulunduğu iddiası ile tutuklandı. Seyyid Kutub 1966'da idam edildi ancak Muhammed Kutub'un idam cezası affedildi ve 1972'de cezaevinden serbest bırakıldı. Müteakiben diğer Müslüman Kardeşler üyeleri ile birlikte Suudi Arabistan'a iltica etti.
Muhammed Kutub, Suudi Arabistan'da bulunduğu yıllarda Seyyid Kutub'un kitaplarını düzenledi ve bastırdı. Değişik kaynaklara göre; Usame bin Ladin veya el-Kaide'nin 2. teorisyeni olan Eymen ez-Zevahiri'nin öğrenci olarak bulunduğu Cidde'deki Kral Abdülaziz Üniversitesi'nde veya Mekke'deki Ümmül Kura Üniversitesi)'nde İslami Çalışmalar profesörü olarak öğretimde bulundu. Usame bin Ladin, 2004 tarihli bir video klibinde Şeyh Muhammed Kutub'un Doğrulanması Gereken Kavramlar (Concepts That Should be Corrected) isimli kitabını tavsiye etmekteydi. Muhammed Cemal Halife ile bir röportaj yapan Lawrence Wright'a göre; Bin Ladin, Kral Abdül Aziz Üniversitesi'nde Muhammed Kutub'un haftalık konferanslarına katılmaktaydı.
Muhammed Kutub, abisi Seyyid'in kitaplarını hazırlamasına ek olarak abisinin düşüncelerini, abisinin köktenci destekçileri ve fazla tutucu Müslümanların özellikle de Brethren'in aralarındaki farkları yumuşatmak için çalıştı. Seyyid Kutub'un Müslüman dünyası ve hükümetleri cahiliyye içindedirler tezini (Cahiliyye terimi yazar tarafından pagan bilgisizliği anlamında kullanılmıştır) ve kendisine sığınma hakkı veren ülkenin cahiliyye olduğu tezini reddetti, 1975'te tekfir etme veya Müslümanları inançsız olarak yargılama eyleminden vazgeçti.
Muhammed Kutub, kendi doğruları üzerinde bulunan bir yazardı. Kitapları Arap dünyasında yaygınlaştı ve Müslüman Kardeşler arasında tutuldu. Muhammed Kutub'un 20. Yüzyıl Bilgisizliği adlı kitabı, belki de en çok tanınan kitabı oldu ve Seyyid Kutub'un Yoldaki İşaretler (Ma'alim fi et-Tarik) adlı kitaplarının, hükümetin suikastçıların ev ve diğer mekanlarında bu kitapları bulduklarını iddia etmelerinden sonra teröristlerin el kitabı olduğu iddiası ile adı çıktı.
Muhammed'in İslamcılar arasında popüler olan bir diğer kitabı, Seyyid Kutub'un düşüncelerini geliştirdiği İslam: Yanlış Anlaşılan Din adlı kitabı oldu ve bu eseri özür içeren klasiklerden birisi olarak adlandırıldı.
4 Nisan 2014'te Suudi Arabistan'ın Cidde şehrinde ölmüştür.
ESERLERİ
1000 Soruda 4 Raşit Halife / POLEN YAYINLARI
1000 Soruda Peygamberimizin (s.a.v) Hayatı POLEN YAYINLARI
20. Asrın Cahiliyesi BEKA YAYINLARI
Alemlere Rahmet Hz. Muhammed (sav) BEKA YAYINLARI
Asrımızda İslam Uygulanabilir mi? RAVZA YAYINLARI
Batıcı Söylemler ve İslam BURUC YAYINLARI
Benzerini Getiremezler BEKA YAYINLARI
Biz Müslüman mıyız? AĞAÇ KİTABEVİ YAYINLARI
Biz Müslüman mıyız? HİLAL YAYINLARI
Biz Müslümanmıyız ŞURA YAYINEVİ
Bosna Hersek Katliamı TEVHİD YAYINLARI
Çağdaş Dünyaya İslami Bakış BEKA YAYINLARI
Çağdaş Fikir Akımları (3 Cilt Takım) RAVZA YAYINLARI
Çağdaş Fikir Akımları 1- Demokrasi RAVZA YAYINLARI
Çağdaş Fikir Akımları 2 -Komünizm- RAVZA YAYINLARI
Çağdaş Fikir Akımları 3 -Sekülarizm, Rasyonalizm, Milliyetçilik- RAVZA YAYINLARI
Çağdaş Fikir Akımları BEKA YAYINLARI
Çağdaş Konumumuz BEKA YAYINLARI
Çocuklar İçin Peygamberlerin Hayatı BEKA YAYINLARI
Düzeltilmesi Gereken Kavramlar RİSALE
Evrim ve Değişmezlik BEKA YAYINLARI
Gelenekler Çatışması BEKA YAYINLARI
Hz. Muhammed'in Hayatı / Gençler İçin İLKE YAYINCILIK
Hz. Peygamberden Gençlere 50 Nasihat İLKE YAYINCILIK
İman ve İnkar Aynasında İki Kadın Portresi İLKE YAYINCILIK
İnsan Psikolojisi Üzerine Etüdler RAVZA YAYINLARI
İslam Budur BEKA YAYINLARI
İslam Dünyasında Aydınlanma Sorunu BEKA YAYINLARI
İslam Etrafındaki Şüpheler HİSAR YAYINLARI
İslam İnancı RİSALE /Nureddin Yıldız
İslam Kahramanları Ashab-ı Kiram (5 Kitap Takım) HİSAR YAYINLARI
İslam Terbiye ve Ahlak Sistemi HİSAR YAYINLARI
İslama Göre İnsan Psikolojisi ESMA YAYINLARI
İslamın Etrafındaki Şüpheler TUĞRA NEŞRİYAT
İslami Açıdan Tarihe Bakışımız RİSALE
Kadının Özgürlüğü ve Tesettür RAVZA YAYINLARI
Kadının Özgürlük Savaşı RAVZA YAYINLARI
Kur'an Araştırmaları Medeni Ayetler Cilt 2 SERİYYE YAYINEVİ
Kur'an Araştırmaları Mekki Ayetler Cilt 1 SERİYYE YAYINEVİ
Kur'an Kıssaları BEKA YAYINLARI
Kur'an'ı Nasıl Okuyalım İŞARET YAYINLARI
Küreselleşme ve Müslümanlar BEKA YAYINLARI
La İlahe İllallah BEKA YAYINLARI
La İlahe İllellah / Akide, Şeriat ve Hayat Yolu RAVZA YAYINLARI
Lailahe İllallah İHTAR YAYINLARI
Nasıl Davet Edelim? BEKA YAYINLARI
Örnek İslam Toplumu RİSALE
Peygamberden Parıltılar BEKA YAYINLARI
Peygamberimizin Savaşları HİSAR YAYINLARI
Peygamberimizin Seriyyeleri HİSAR YAYINLARI
Sosyal Bilimlerin İslami Temelleri BEKA YAYINLARI
Tartışmalar BEKA YAYINLARI
Tih'den Çıkış BURUC YAYINLARI .