Genç bilim insanı 2001 yılında Boğaziçi Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nden mezun oldu. 2002’de Londra Westminister Üniversitesi’nde kısa dönem araştırmacı olarak çalıştı. Ardından İTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü’nde yüksek lisans ve doktorasını tamamlayan Şahin aynı bölümde araştırma görevlisi olarak çalıştı. Deniz Şahin, “Harun Yahya Safsatası ve Evrim Gerçeği” kitabının yazarlarındandır. Bir Evrim Çalışkanı olan Şahin, “Evrimi Anlamak” sitesinin oluşturulma sürecinin içinde yer almıştır. 2009 yılında Boğaziçi Üniversitesi’nde düzenlenen II. Evrim, Bilim ve Eğitim Sempozyumu Düzenleme Kurulu’nda görev üstlenmiştir. Ayrıca, Bilim ve Gelecek Dergisi’nin düzenli yazarları arasındadır.