1956 yılında İstanbul'da doğdu. 1978 yılında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nin İdari Şubesinden mezun oldu. Aynı fakültede 1986'da master, 1990'da doktora unvanı aldı. 1993 yılında doçent, 1999’da Profesör oldu. Emekli olana kadar Ankara’da Gazi Üniversitesi İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Uluslararası İlişkiler Bölümünde görev yaptı. Dört çocuk babası olarak İstanbul’da yaşamaktadır.
1980 öncesinde milliyetçi görüşleriyle tanınan Türköne, şu anda Zaman Gazetesi'nde köşe yazarlığı yapıyor. 1980 askeri darbesinden sonra tutuklanan Türköne Ankara Mamak cezaevinde 2 yıl yatmıştır, bu dönemde ağır işkencelere maruz kalmıştır. Yazar, şu anda Tanzimat dönemi siyasî fikirler üzerine çalışmayı sürdürüyor. Aynı zamanda 2007 yılında TRT 1'de gazeteci Emre Aköz ve spiker Tülay Tüzün ile Gündeme Dair isimli tartışma programı yapmıştır.
Yaklaşık 1,5 yıldır gazeteci Faruk Mercan ile birlikte Endaze adlı tartışma programını hazırlamaktadır.
12 Haziran 2011 Genel Seçimlerinde Adalet ve Kalkınma Partisi İstanbul milletvekili aday adayı olmuştur. Ancak AK Parti tarafından milletvekilliğine aday gösterilmemiştir.
21 Aralık 2011 tarihinde Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından Prof. Mümtazer Türköne, Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Yönetim Kurulu üyeliklerine getirilmiştir. Göreve getirildikten sonra Atatürkçülük ile ilgili yaptığı açıklamaların ardından tepki alan Türköne, 5 Ocak 2012 tarihinde görevinden istifa etmiştir.
Türköne’nin İslâmcılık, milliyetçilik, laiklik ve 19. Yüzyıl Türk Siyasî Fikir Tarihi alanında çok sayıda makalesi ve kitapları bulunmaktadır. 15 Temmuz 2016’dan sonra da Zaman Gazetesi yazarı olarak 4 yıldan fazla tutuklu kalmıştır.
İlk eşi Doç. Dr. Mualla Kavuncu, ikinci eşi ise Özlem Piltanoğlu Türköne idi. Özlem Piltanoğlu'ndan da ayrılmıştır.