1960 yılında Artvin-Şavşat’ta doğdu. İlköğrenimini Atalar Köyü İlkokulunda, orta ve lise öğrenimini Kars-Susuz Kâzım Karabekir Öğretmen Lisesi’nde yaptı. 1976’da İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü’nde başladığı lisans öğrenimini 1980 yılında tamamladı. 1981 yılında aynı üniversitenin Tarih Bölümü’nde Araştırma Görevlisi oldu. Ortaçağ Tarihi Anabilim Dalı’nda Yüksek Lisans (1983-1986) ve Doktora (1986-1991) eğitimi yaptı. 1992 yılında Ortaçağ Tarihi Anabilim Dalı’nda Yardımcı Doçent kadrosuna atandı. 1999 yılında Doçent, 2006 yılında Profesör unvanını aldı. İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Ortaçağ Tarihi Anabilim Dalı’nda 30 yıl görev yapan Prof. Dr. Fahameddin Başar, 5 Ekim 2011 tarihinde kendi isteği ile emekliye ayrıldıktan sonra 8 Ekim 2011 tarihinde Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü’nde öğretim üyesi olarak çalışmaya başladı. İstanbul Üniversitesi’nde Tarih Bölümü Başkanlığı, Dekan Yardımcılığı, Fakülte Kurulu ve Fakülte Yönetim Kurulu Üyeliği gibi idari görevler üstlenen Fahameddin Başar, Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesinde de aynı görevlerini sürdürmekte, ayrıca Üniversite Senatosu ve Yönetim Kurulu Üyeliği yapmaktadır. 3 Mart 2016 tarihinden itibaren Eğitim Fakültesi'nin kurucu dekanı olarak göreve başlamıştır. Ortaçağ Türkiye Tarihi, özellikle Anadolu Beylikleri ile Osmanlı Devleti’nin kuruluş dönemi çalışma alanıdır. Anadolu Beylikleri, Osmanlı Devleti’nin Kuruluşu, Osmanlı-Bizans Münasebetleri, Osmanlı Eyalet Teşkilatı ve Osmanlı Türkçesi alanında makale ve kitapları bulunan Fahameddin Başar, yurt içi ve yurt dışında birçok bilimsel toplantıya katılmış, ulusal ve uluslararası sempozyum, kongre ve panelde bildiri sunmuş, birçok kitap ve dergi yayınında editörlük yapmıştır. Yayımlanmış 10 kitabı ile 100’den fazla makalesi bulunmaktadır. Fransızca bilen Prof. Dr. Fahameddin Başar, evli ve iki çocuk babasıdır.