Nakazawa, 14 Mart 1939'da Japonya'nın Hiroşima şehrinde doğdu ve Ağustos 1945'te atom bombası atıldığında şehirdeydi. Aile üyelerinin neredeyse hepsi patlamada enkaz altında kalarak öldüler. 1961 yılında, Nakazawa karikatürist olmak için Tokyo'ya taşındı. Annesinin 1966'da ölümünün ardından Nakazawa'nın, Hiroşima'nın yıkımıyla ilgili anıları yeniden canlandı ve bunları hikayelerinde dile getirmeye başladı.
Keiji Nakazawa, uzun yıllar Gen Projesi ile ilgilendi. 2009 yılında, gözlerindeki rahatsızlık nedeniyle çizgi roman dünyasından emekli olan sanatçının en son çalışması, kendi yazdığı ve yönettiği, Hiroşima'da savaş sonrası büyüyen genç insanların hayatını anlatan bir macera filmiydi. Nakazawa, 1986'da Çernobil ve 2011'deki Fukuşima nükleer santrallerinde yaşanan felaketlerden sonra Japonya'da nükleer enerji kullanımına en sert çıkan isimlerden biri olarak biliniyordu.
Nakazawa, Eylül 2009'da kötüleşen diyabet ve katarakt sorununu gerekçe göstererek emekliliğini açıkladı. Barefoot Gen devam filmi için planlarını iptal etti. Eylül 2010'da Nakazawa'ya akciğer kanseri teşhisi kondu ve 19 Aralık 2012'de öldü.