Ocak 2016 ayında Başbakan Ahmet Davutoğlu'nun Başdanışmanı olarak görevlendirildi. GENAR araştırma şirketi genel müdürü. Akademisyen. Mustafa Şen, 1969 yılında Trabzon’da doğmuştur. Boğaziçi Üniversitesi’nde Felsefe bölümünde okudu oradan bitirmeden Tarih bölümüne geçerek 1995 yılında mezun oldu. Ardından, Sakarya Üniversitesi Sosyoloji Bölümü’nde yüksek lisans yaptı. Boğaziçi Üniversitesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü’nde doktorasına devam etmektedir.
Mustafa Şen, genel müdürü olduğu GENAR Araştırma ve Danışmanlık Merkezi’nde siyasal, sosyal ve pazar araştırmaları alanlarında bilimsel araştırma projeleri yönetmektedir.
Fatih Üniversitesi’nde Araştırma Yöntemleri ve Siyasal İletişim dersleri verdi. Etiler Polis Meslek Yüksek Okulu’nda Yönetim ve Liderlik üzerine dersler vermektedir.
Yerel Üzerine Aykırı Yazılar başlıklı bir kitaptan başka, yazar ve araştırmacı arkadaşlarıyla birlikte şu kitapları kaleme aldı: İstanbul’da Şiddet ve Şiddetin Sosyolojik Arka planı, Türkiye’de Konya İmajı, Kent ve Su, Suyla Gelen Kültür, 13 Dünya Metropolünde Su Yönetimi Benchmarking Çalışması. Ayrıca Paris’in Kentsel Dönüşümü, Müslüman İsa, İstanbul Gecekondu Kültür İnsan, Adım Adım İstanbul (2 cilt), Kentli Yaşam Kılavuzu, Nasıl Bir Şehirde Yaşıyoruz, İstanbul’un İlkleri ve Enleri, İstanbul Kültür Atlası, İstanbul’un Semtleri Kitapçıkları (120 Semt), İstanbul: Tarihin Işıltısı, İstanbul: Su Gibi, İstanbul Mevlevihaneleri isimli kitapları yayına hazırladı.
İstanbul üzerine 20 kadar kısa belgeselden başka, İstanbul’un Şehirleri adında 14
ülkede çekilen 18 bölümlük bir belgeselin de yapımcısı olan Şen’in çeşitli gazete
ve dergilerde bilimsel, felsefî ve edebî yazıları ile şiirleri yayınlandı. Ulusal ve uluslararası konferans ve sempozyumlarda birçok bilimsel tebliğ sundu.
7 Haziran 2015 seçimlerinde AKP'den Şanlıurfa milletvekili aday adayı oldu, ancak
aday gösterilmedi. Mustafa Şen, Ocak 2016 ayında Başbakan Ahmet Davutoğlu'nun Başdanışmanı olarak görevlendirildi.