"Niçin? " sorularına bilimsel meşruiyet kazandıran kişinin Darwin olduğunu ve Darwin'in bu sorulan sorarak doğa tarihini tümüyle bir bilime dönüştürdüğünü fark eden çok az insan vardır.
Yeni bir paradigmanın başlaması, asla eski olanın hemen değiştirilmesiyle sonuçlanmaz. Neticede, yeni devrimci kuram eskisiyle birlikte varlığını sürdürebilir. Gerçekten de üç ya da dört paradigma aynı anda birlikte bulunabilir. Örneğin, Darwin ve Wallace'ın evrimin işleyiş mekanizması olarak doğal seçilimi önermelennin ardından sıçramalı evrim, ortogenez ve Lamarckçılık sonraki seksen yıl boyunca doğal seçilim kuramıyla rekabet etmiştir." Bu rakip paradigmalar 1940'ların evrimsel sentezine kadar inanılırlıklarını kaybetmediler.
Darwin'in ikinci devriminin kaynağı doğal seçilim kuramıydı. Bu kuram, 1859'da öne sürülüp tümüyle açıklandığı halde, o dönemde egemen olan beş farklı ideolojiye (yaratılış, özcülük, teleoloji, fizikseletlik ve indirgemecilik) ters düşmesinden dolayı o denli itirazlada karşılaştı ki, 1930'lu ve 40'lı yılların evrimsel sentezine kadar genel olarak kabul görmedi. Günümüzde bile Fransa, Almanya ve başka bazı ülkelerde bu kurama karşı önemli bir direnç söz konusudur.
Darwin'in birinci ve ikinci bilimsel devrimleri şeklinde ele alacak olursak, konu daha fazla açıklık kazanacaktır.
Birincisi, ortak soydan evrimleşmenin kabul edilmesinden ibaretti. Bu kuram iki açıdan devrimsel nitelikteydi: İlk olarak, doğaüstü bir açıklama olan yaratılış kavramının yerine doğal ve maddi bir açıklama olan aşamalı evrim kavramını koydu. İkinci olarak, ilk dönem evrimcilerin benimsediği doğrusal evrim çizgisi modelinin yerine, sadece tek bir yaşam kökeni gerektiren , dallanan evrim modelini koydu.
Bir paradigmanın birdenbire diğerinin yerini alması söz konusu değildi; çünkü iki sistem yan yana varlığını sürdürüyordu: Hennig'in sıralama sistemi (kladistik sınıflandırma) ve geleneksel Darwinci metodoloji (evrimsel sınıflandırma).