Pagan, filozof, bilim ve matematikle uğraşan biri, önemli bir politik figür ve bir kadın olarak, Hypatia dar görüşlü Hıristiyan yobazlarının gözünde makbul bir insan değildi. Muhtemelen İskenderiye Piskoposu Aziz Cyril'in emriyle pusuya düşürüldü, arabasından indirilip giysileri çıkarıldı, bilenmiş midye kabuklarıyla bütün bedeni kesildi ve sonunda yakıldı. Yobazların kardeşçe sevgi dedikleri şey buydu.