Şüphe yoktur ki Ebû Hanife derin bir âlimdir. Buna rağmen, kimsenin onun meseleleri ele alırken sarfettiği enerjiyle meseleleri ele almadığı bir dönemde, onun âlimane düşünme metodu pratikte yeni olduğu için, kendi zamanında pek çok ihtilafla karşı karşıya kalmıştır. Onun özgür düşüncesi ve tutarlılığı bir araya geldiğinde, metodu, tüm dinî metinleri sadece yüzeysel olarak kabul edenleri rahatsız etmeye başlamıştır. Aynı zamanda, İslam hukukunda sağlam bir yapı ve istinbat sistemi kurduğunu düşündükleri için, sapkın itikatları takip edenler arasında son derece sevilmeyen biriydi.