Yeryüzünün hâlâ var olan en eski bakterileri olarak siyanobakteriler alglerin, ilkel bitkilerin ve bugünün gelişmiş bitkilerinin gelişiminde rol oynadılar. Bilinen en eski fosiller, oksijen atmosferde birikmeye başlamadan önceki dönem olan Arkeen döneme ait siyanobakterilerdir. 3,5 milyar yıllık bu fosiller neredeyse 3,8 milyar yıllık en eski kayalar kadar yaşlıdırlar.