Zonula okludens proteinleri bazı tıbbi açıdan önemli bakteri için hedef oluşturur. Clostridium perfringens tarafından salgılanan ve gıda zehirlenmesine yol açan enterotoksin, bağırsak hücrelerinin klaudin moleküllerine bağlanarak, bu proteinlerin sıkı bağlantı yapısına katılmasını engeller ve bağırsak lümeni boyunca paraselüler yoldan doku sıvısının kaybına sebep olur.
Benzer şekilde, mide ülseri etiyolojisinde önemli olan Helicobacter pylori mide hücrelerindeki sıkı bağlantı proteinlerinin hücre dışı bölgelerine bağlanır ve ZO-1'i hedef alan bir proteini yapıya sokarak bağlantının bozulmasını sağlar.