Los Alamos'ta, Oppenheimer'in asistanları arasında "sadece koruma değil, aynı zamanda bu ofis için gizli ajanlık da yapacak özel olarak eğitilmiş Karşı İstihbarat Birimi ajanları" vardı. Şoförü ve koruması Andrew Walker, doğrudan Albay Pash'e rapor veren bir CIC ajanıydı; mektupları okunuyor, telefonu ve ofisi dinleniyordu. Savaştan sonra bile yakın fiziksel ve elektronik gözetim altında kaldı. Geçmişteki bağlantıları, kongre komiteleri ve FBI tarafından defalarca gündeme getirildi ve tekrar tekrar Komünist Parti üyesi olduğundan şüphelenildiğini bilmesi sağlandı.
Lawrence sadece fizikçilerin ve kimyacıların bir sendikaya katılmasına şiddetle karşı çıktığı için değil, aynı zamanda eski arkadaşının değerli zamanını hala sol siyasetle harcadığını gördüğü için de öfkelenmişti. Lawrence, Oppenheimer'ı "solculuk faaliyetleri" konusunda defalarca paylamıştı ancak Oppie her zamanki gibi bir kez daha biliminsanlarının toplumun "ezilenlerine" yardım etme sorumluluğu olduğunu savunmuştu.
Patlamadan kaynaklanan radyoaktif serpintiyi ölçmekle görevlendirilen kimyager Joe Hirschnrelder daha sonra bu anı şöyle anlattı: "Birdenbire gece gündüze oldu, soğuk sıcaklığa dönüştü; ateş topu büyüdükçe ve göğe yükseldikçe yavaş yavaş beyazdan sarıya, kırmızıya dönüştü; yaklaşık beş saniye sonra karanlık geri geldi ama gökyüzü ve hava mor bir parıltıyla kaplandı sanki kuzey ışıklarıyla çevriliydik. Patlama dalgasının çöl toprağından kopardığı parçalar yanımızdan geçerken orada öylece huşu içinde duruyorduk"