1978 Malatya doğumludur. İlk ve orta öğrenimini Malatya’da tamamladı. 2001 yılında Dokuz Eylül Tıp Fakültesi’nden mezun oldu. Zonguldak Karaelmas Üniversitesi’nde göğüs hastalıkları uzmanlık eğitimi aldı. Mecburi hizmet atamasıyla Iğdır’da iki yıl görev yaptı. 2010 yılında Bezmiâlem Tıp Fakültesi’nde öğretim üyesi olarak göreve başladı. 2014 yılında aynı üniversitede doçent unvanını aldı. 2019 yılında Medipol Üniversitesi bünyesine katılan Akkoyunlu, 2020 yılında profesör kadrosuna atandı. Dört yüzden fazla ulusal/uluslararası tıbbi makale ve sunumu bulunan Prof. Dr. Muhammed Emin Akkoyunlu aynı zamanda İstanbul Üniversitesi’nde sosyoloji lisansı yapmaktadır. Halen Medipol Üniversitesi’nde öğrencilerini yetiştirmektedir.