29 Eylül 1929 tarihinde, Eflâni'de doğdu. İlkokuldan sonra Kastamonu'daki Gölköy Köy Enstitüsü'ne kayıt yaptırdı. Mustafa Sungur, çalışkan bir talebeydi. Enstitüde dine karşı takınılan tavra rağmen, gerek ailesinde bulunan hocalar vesilesiyle, gerekse küçükken aldığı dinî eğitimin etkisiyle çok fazla etkilenmedi.
Mustafa Sungur 1945 yılında, henüz 16 yaşında iken evlendi.
O yıllarda, daha sonra hizmetine gireceği Said Nursî'yi sadece duymuşluğu vardı. Risaleleri 1946 yılında, Ahmet Fuat Efendi ile Safranbolulu Keçeci Mehmet Efendi vesilesiyle tanıdı.
Mustafa Sungur, askerliğini ise 1955-1956 arasında, önce altı ay yedek subay olarak Ankara'da, daha sonra da Samsun'da yaptı.
Bediüzzaman Said Nursî'nin 1946, 1958 ve 1959'da birkaç defa yazdığı vasiyetnamelerinde adı zikredilen Mustafa Sungur'un Şerife, Ahmed Said, Muhammed Nur, Saide Nur, Aynur, Cihannur, Nurullah adında yedi çocuğu vardı. Bedüzzaman'ın vefatından sonra kendisini tamamen risale sohbetlerine adadı.
- "Türk gibi, Araplarda da Araplık ve Arap milliyeti İslâmiyet’le mecz olmuş ve olmak lâzımdır.
Hakiki milliyetleri İslâmiyet’tir. O kâfidir. Irkçılık, bütün bir tehlike-i azîmdir..."
-Bediüzzaman Said Nursi-