3 Kasım 1996 günü patlak veren Susurluk olayı ile JİTEM'e karşı oluşan tepkilerden dolayı giderek üstü örtülmeye başlandı. JİTEM'in varlığı inkar edildi ve tasfiye görüntüsü verilmeye çalışıldı.
"... dağdaki silahlı olan unsurlar değil onların arkasındaki unsurlar, onları donatan, besleyen, onlara lojistik destek sağlayan, teorik anlamda katkı sunan unsurlar önemlidir."