Bu şekilde Milli Mücadele safında resmen yer alan Papa Eftim bundan sonra yapacağı bir açıklama ile Patrikhaneden de ayrıldığını ve artık müstakil hareket edeceğini resmen ilan edecektir.
Onun Milli Mücadele safında yer almadaki kararlığı konusunda verilebilecek en çarpıcı örneklerden birisi kendisinin
hükümete karşı isyan ederek köy basan Rum çetelerine karşı belli bir başarı elde etmesidir denilebilir. Bu bağlamda, Zekeriya Türkmen, Papa Eftim'in Keskin ve civarında topladığı 500 kadar
Türk Ortodoks gönüllü taburu ile savaşa katılmak istediğine ve
bunun için de TBMM Hükümeti Müdafaa-i Milliye Teşkilatına
müracaatta bulunduğuna dikkat çekerek daha sonra kendisine
TBMM Hükümeti tarafından İstiklal Madalyası verildiğini belirtmektedir.
Ayrıca Eftim'in Pontus çetelerinin tenkil harekatında dahiliye vekili Fethi Bey ile birlikte harekata katılma isteğini bildirdiği ancak, kendisinin zarar görebileceği ihtimaline karşı bu teklifi geri çevrilse de, Akdağmadeni civarında faaliyet gösteren Rum çetelerinin yola getirilmesi konusunda bir şeyler
yapabileceği belirtilmiştir. Bunun üzerine iki papaz ve iki sivilden
oluşan bir heyet kurarak çetelerle temas sağlayan Papa
Eftim, çete mensuplarını ikna etmeyi başarmıştır. Bu şekilde
bazı çete mensuplarını ikna etmeyi başarması dışında cemaatler
arasındaki gerginliklerin giderilmesinde de Papa Eftim'in büyük
etkileri olmuştur. Her ne kadar Fener Patrikhanesi'nin propagandaları
özellikle Batı Anadolu, Karadeniz ve Marmara bölgelerinde
etkin olmuşsa da bu, iç kesimlerin propagandalardan
tam manasıyla uzak kaldığı anlamına gelmemektedir. Nitekim,
II. Bölümde daha önce bahsedildiği gibi Patrikhane, her ne kadar
istediği başarıyı elde edemese de, bu bölgedeki Ortodoks
cemaatlere yönelik önemli girişimlerde bulunmuştur. Ancak,
bu girişimler başarısızlıkla sonuçlansa da, bu durum Patrikhaneyi
ve Yunan hükümetini hedeflerinden vazgeçirememiştir. Bu
da Milli Mücadele döneminde Anadolu'nun iç kesimlerinde
yaşayan Ortodoks nüfusun Müslümanlarla olduğu kadar kendileri
arasında da bazı ihtilafların çıkmasının başlıca sebebi olmuştur.
Bu konuda Papa Eftim'in Nevşehir'de Müslümanlarla Ortodoks
Hıristiyanların birbirlerine karşı itimatsızlıklarına bağlı olarak yaşanan gerginliğin sebebinin Patrikhane hizmetindeki
kiliseler olduğunu ortaya çıkararak meseleyi halletmesi hem
Müslüman hem de Ortodoks halkın birbirlerine karşı önceden
duydukları itimadın yeniden kazanılmasını gündeme getirmiştir.
Nevşehir'den sonra Ürgüp bölgesinde Ortodokslarla Müslümanların
arasında her hangi bir sorunun yaşanmadığını gören
Papa Eftim, İncesu'da Nevşehir'deki olaya benzer bir şekilde Müslümanlarla Ortodoksların arasını bozmaya çalışan bir Papazın faaliyetlerinden haberdardır ve burada da gereken tedbirleri
alan Papa Eftim, sözü geçen bu papazın görevine son vererek
halk arasında yeniden sükunetin sağlanmasını temin etmiştir.